Система подсчёта очков: за победу 3 очка, за ничью 1
По итогам сезона в Премьер-лигу переведены Ростов (Ростов-на-Дону) и Кубань (Краснодар), вылетели во второй дивизион Металлург-Кузбасс (Новокузнецк), Волга (Ульяновск), Торпедо (Москва), Машук-КМВ (Пятигорск), Динамо (Барнаул), Динамо (Брянск) и Звезда (Иркутск). СКА (Ростов-на-Дону) и Спортакадемклуб (Москва) отказались от участия в первом дивизионе в 2009 году по финансовым причинам.
Примечание: Решениями КДК РФС от 16 октября и от 19 ноября 2008 года с ФК "Звезда" Иркутск снято в общей сложности 18 турнирных очков. 22 октября «Звезда» объявила об отказе от проведения игр 41 и 42 туров, а на следующий день — о снятии с чемпионата. В заключительных 4-х матчах чемпионата «Звезде» были засчитаны технические поражения 0:3.
